Salarié en arrêt ? Découvrez les obligations de l’employeur, les risques à éviter et les bonnes pratiques pour bien gérer les arrêts de travail en TPE-PME.
Gestion des arrêts de travail : le guide complet pour les employeurs en 2025
Cet article propose un guide pratique et juridique complet pour aider les employeurs à bien gérer les arrêts de travail en entreprise : démarches à effectuer, indemnisation, droits et contrôles, risques juridiques... Avec une approche claire et actualisée, vous saurez exactement quoi faire étape par étape pour rester en conformité et préserver vos intérêts.
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📊 Le chiffre clé : 21,3 % des arrêts concernent les salariés de TPE
En 2024, 21,3 % des arrêts de travail ont concerné des salariés de Très Petites Entreprises (TPE), soulignant à quel point ces structures sont exposées à l’absentéisme (source : Assurance Maladie, Rapport 2024). Cette réalité pèse lourd : près de 17 milliards d’euros ont été dépensés par la Sécurité sociale pour les arrêts de travail en 2024, contre 15,8 milliards en 2023, soit une hausse de +8,5 % en un an.
Avec 42 % des salariés français ayant reçu au moins un arrêt maladie cette année, les dirigeants de TPE sont confrontés à une complexité croissante dans la gestion des absences. Pire encore, l’absentéisme coûterait jusqu’à 100 milliards d’euros par an aux entreprises privées (source : Cabinet Ayming, Baromètre de l’Absentéisme 2024). Un enjeu stratégique quand on sait que 46 % des salariés de TPE ont moins de 40 ans, une population plus sujette aux arrêts courts et répétés.
👉 Face à ce constat, maîtriser les obligations légales, anticiper les démarches et sécuriser les procédures devient une priorité pour les employeurs de petites entreprises.
✅ Démarches administratives : que faire dès réception d’un arrêt ?
📌 Que doit faire l’employeur à réception d’un arrêt ?
Dès qu’un salarié transmet un arrêt de travail (volet 3), l’employeur doit immédiatement entamer les démarches suivantes :
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Vérifier la réception dans les délais légaux (48h) ;
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Transmettre l’attestation de salaire à la CPAM via net-entreprises.fr (dans les 5 jours) ;
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Informer l’organisme de prévoyance si une couverture complémentaire existe ;
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Mettre à jour le dossier du salarié (registre du personnel, planning, etc.).
💡 Bon à savoir : tout retard dans la transmission de l’attestation de salaire peut entraîner un retard dans le versement des indemnités, générant potentiellement un contentieux.
💶 Indemnisation : CPAM, maintien de salaire, subrogation
🏥 Qui paie le salarié en arrêt ?
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La CPAM verse les IJSS (Indemnités Journalières de Sécurité Sociale) après 3 jours de carence.
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L’employeur peut être tenu de compléter la rémunération, selon la convention collective ou un accord d’entreprise.
🔍 Zoom : baisse du plafond des IJSS en 2025
Depuis le 1er janvier 2025, le plafond des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) a été revu à la baisse. Désormais, le montant maximal versé par la CPAM est calculé sur la base de 1,8 fois le SMIC contre 2 fois auparavant.
👉 Conséquence directe :
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Le montant des IJSS versées au salarié est moins élevé pour les revenus supérieurs au nouveau plafond.
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Les employeurs pratiquant la subrogation doivent ajuster les compléments de salaire pour maintenir la rémunération contractuelle.
📌 À retenir pour les TPE-PME : cette évolution impacte notamment les salariés qualifiés ou cadres, souvent mieux rémunérés. Il devient primordial d’anticiper les écarts entre IJSS et salaire habituel, surtout en cas d’arrêt prolongé.
💬 Conseil pratique : vérifiez vos accords de branche ou conventions collectives pour savoir si un complément obligatoire est prévu, et mettez à jour vos outils de paie pour refléter cette modification.
🔁 La subrogation, un levier de simplification
L’employeur peut choisir la subrogation, c’est-à-dire percevoir directement les IJSS et verser au salarié son salaire net habituel.
✅ Avantage : cela facilite la comptabilité et sécurise les flux financiers.
🔍 Contrat de travail, contrôles et droit de l’employeur
📌 Suspension du contrat : ce qu’il faut comprendre
L’arrêt suspend le contrat, il ne le rompt pas. Le salarié est donc toujours dans les effectifs de l’entreprise, mais dispensé de travail.
⚠️ Peut-on licencier un salarié en arrêt ?
Oui, sous conditions strictes :
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✅ Si le motif est étranger à l’état de santé (désorganisation, remplacement, faute grave antérieure).
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❌ Mais jamais directement à cause de la maladie.
Tout licenciement basé sur l’état de santé serait nul avec forts risques de condamnation.
À lire : Les indeminités de licenciement en France
👨⚕️ L’employeur peut-il contrôler l’arrêt ?
Oui. Il peut mandater un médecin contrôleur pour une contre-visite. Si l’arrêt est jugé injustifié :
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La CPAM peut suspendre les IJSS ;
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⚠️ Mais l’employeur ne peut pas sanctionner seul le salarié, sauf préjudice démontré.
🔄 Retour du salarié et gestion des obligations médicales
📅 Quelles démarches au retour du salarié ?
Une visite de reprise est obligatoire dans trois cas :
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Arrêt maladie ou accident du travail > 30 jours ;
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Maladie non professionnelle > 60 jours ;
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Retour de congé maternité.
👨⚕️ Rôle de la médecine du travail
Le médecin du travail émet un avis :
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Apte sans réserve ;
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Apte avec aménagements ;
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Inapte (totale ou partielle).
L’employeur doit alors proposer un reclassement, sous peine de rupture abusive du contrat.
⚠️ Risques juridiques en cas de mauvaise gestion
Voici les principaux risques encourus :
| Manquement | Risque encouru |
| Retard attestation de salaire | Plainte du salarié, contentieux CPAM |
| Licenciement pour maladie | Nullité + dommages et intérêts lourds |
| Omission de la visite de reprise | Sanction Inspection du travail + préjudice |
🎯 Conseil : mettez en place un processus clair et documenté pour chaque arrêt de travail.
🧠 Synthèse – Les 5 réflexes à adopter
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Réagir vite : 48h pour le salarié, 5 jours pour la CPAM.
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Transmettre l’attestation de salaire sans retard.
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Vérifier les droits conventionnels de maintien de salaire.
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Anticiper le retour avec la médecine du travail.
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Éviter tout licenciement basé sur la maladie.
🧭 Comment piloter efficacement les arrêts de travail ? Le rôle clé du SIRH
Pour une gestion rigoureuse et fluide des arrêts de travail, un SIRH (Système d’Information des Ressources Humaines) devient un véritable atout pour les TPE-PME. Voici comment cet outil piloté par votre office manager peut transformer votre organisation :
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Centralisation des données RH : toutes les informations liées aux absences, arrêts maladie, retours, visites médicales et obligations légales sont réunies en un seul endroit.
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Automatisation des tâches administratives : transmission automatique des attestations de salaire à la CPAM, rappels de délais, notifications pour la prévoyance ou les visites de reprise.
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Tableaux de bord et pilotage RH : le SIRH fournit une vision claire de l’absentéisme dans l’entreprise, permettant d’anticiper les besoins de remplacement, d’analyser les tendances (arrêts courts, récurrents, etc.) et d’ajuster l’organisation du travail.
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Réduction des erreurs et des risques juridiques : en assurant la conformité des démarches, l’outil évite les oublis qui peuvent coûter cher en cas de contrôle ou de litige.
👉 Pour les dirigeants de TPE, le SIRH n’est plus un luxe, mais une solution agile et rentable pour sécuriser la gestion des ressources humaines tout en gagnant un temps précieux.
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🧩 Conclusion : professionnaliser la gestion des absences
Bien gérer les arrêts de travail, ce n’est pas juste une obligation légale, c’est aussi une question de gestion RH stratégique.
Pour les TPE-PME, où chaque absence peut déséquilibrer l’organisation, anticiper et formaliser les procédures est indispensable.
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