Démarches, obligations, maintien de salaire, contre-visite, IJSS 2026 : tout ce qu’un dirigeant de TPE-PME doit savoir pour gérer un arrêt maladie sans erreur. Checklist incluse.

Comment gérer un arrêt maladie côté employeur : démarches, obligations et bonnes pratiques

Tout ce qu’un dirigeant de TPE ou PME doit savoir pour gérer un arrêt maladie sans erreur, de la réception du Cerfa jusqu’à la visite de reprise — avec les chiffres et règles à jour 2026.

 

Plus de 8,8 millions d’arrêts de travail sont prescrits chaque année en France, pour un coût total dépassant 16 milliards d’euros d’indemnités journalières. Pour un dirigeant de TPE ou PME, recevoir l’arrêt maladie d’un salarié déclenche une cascade d’obligations administratives, financières et juridiques qu’il faut maîtriser sous peine de sanctions.

Ce guide couvre l’intégralité du processus : réception de l’arrêt, attestation de salaire, calcul du maintien de salaire et des IJSS, contre-visite médicale, gestion de l’absence dans l’équipe, visite de reprise, et recours possibles. Toutes les règles sont à jour des évolutions 2025-2026, notamment l’abaissement du plafond d’indemnisation à 1,4 SMIC et le nouveau formulaire Cerfa sécurisé.

 

 

Synthèse visuelle des démarches employeur en cas d'arrêt maladie d'un salarié

 

 

 

 

1. Qu’est-ce qu’un arrêt maladie et quelles conséquences pour l’employeur ?

1.1 Définition et cadre légal

L’arrêt de travail pour maladie est une prescription médicale attestant qu’un salarié est temporairement dans l’impossibilité d’exercer son activité professionnelle. Il peut être délivré par tout médecin (traitant, urgentiste, spécialiste, médecin de garde), et dans certains cas par une sage-femme ou un chirurgien-dentiste dans leur domaine de compétence.

Le cadre légal repose principalement sur les articles L.1226-1 et suivants du Code du travail, ainsi que sur les articles L.321-1 et suivants du Code de la Sécurité sociale. La convention collective applicable à l’entreprise peut prévoir des dispositions plus favorables au salarié.

1.2 Arrêt maladie ordinaire vs. accident du travail / maladie professionnelle

La distinction est fondamentale car elle modifie à la fois le régime d’indemnisation, les règles de protection contre le licenciement et les obligations de l’employeur au retour du salarié.

Critère	Maladie ordinaire	AT / Maladie pro.
Délai de carence CPAM	3 jours	Aucun
Délai de carence employeur	7 jours	Aucun
Protection contre licenciement	Limitée	Renforcée (faute grave uniquement)
Visite de reprise obligatoire	Dès 60 jours d’arrêt	Dès 30 jours d’arrêt
Acquisition de congés payés	2 jours ouvrables/mois (max 24/an)	Totalité de l’absence
Formulaire CPAM	Cerfa n°10170*07	Cerfa spécifique AT/MP

 

À retenir Depuis la loi du 22 avril 2024, les salariés en arrêt maladie ordinaire acquièrent désormais des congés payés pendant leur absence : 2 jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence. Pour les arrêts AT/MP, l’acquisition porte sur toute la durée de l’absence, sans limitation à un an.

 

 

2. Les démarches de l’employeur à la réception de l’arrêt

2.1 Réception du volet 3 de l’avis d’arrêt de travail

Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre à son employeur le volet 3 de l’avis d’arrêt de travail. Les volets 1 et 2 sont destinés à la CPAM et sont, dans la grande majorité des cas, télétransmis directement par le médecin.

Nouveau formulaire Cerfa sécurisé — Obligatoire depuis le 1er septembre 2025 Lorsque la transmission dématérialisée n’est pas possible, le médecin doit désormais utiliser un formulaire papier Cerfa sécurisé comportant 7 points d’authentification (dont étiquette holographique et encre magnétique). Aucun scan ni photocopie n’est accepté par la CPAM. Ce formulaire peut être commandé sur amelipro.fr.

2.2 Établir et transmettre l’attestation de salaire

Dès réception du volet 3, l’employeur doit établir une attestation de salaire et la transmettre à la CPAM (ou à la MSA) dans un délai de 5 jours. Cette attestation permet le calcul et le déclenchement du versement des indemnités journalières au salarié.

Modes de transmission : la DSN (Déclaration Sociale Nominative) constitue le canal principal et le plus rapide. En l’absence d’adhésion à la DSN, l’employeur peut utiliser le formulaire Cerfa n°50069*07 en ligne sur net-entreprises.fr ou le transmettre par voie postale.

L’attestation comporte des informations détaillées sur le salarié (identité, poste, ancienneté) et sur sa rémunération (salaires bruts des 3 derniers mois). Toute erreur peut retarder le versement des IJSS et exposer l’employeur à des pénalités.

2.3 Signaler l’arrêt dans la DSN

Si l’entreprise est adhérente à la DSN, l’arrêt de travail doit être signalé via un signalement d’événement « Arrêt de travail » dans le logiciel de paie. C’est également à ce moment que l’employeur peut demander la subrogation des indemnités journalières s’il pratique le maintien de salaire.

2.4 En cas de prolongation au-delà de 6 mois

Si l’arrêt initial est prolongé au-delà de 6 mois, deux cas de figure se présentent. Si l’entreprise a adhéré à la DSN, il suffit de modifier la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans le logiciel de paie. Dans le cas contraire, une nouvelle attestation de salaire doit être établie et transmise à la CPAM.

2.5 Checklist récapitulative des démarches

Étape	Délai	Action
1	Réception du volet 3	Vérifier que le salarié a transmis sous 48h
2	5 jours max	Établir et transmettre l’attestation de salaire à la CPAM
3	Immédiat	Signaler l’arrêt en DSN (signalement d’événement)
4	Si subrogation	Demander le versement des IJSS à l’employeur
5	Si > 6 mois	Modifier la date de fin ou établir nouvelle attestation
6	Reprise	Signaler la reprise dans la DSN mensuelle ou événementielle

3. Indemnisation du salarié : IJSS et maintien de salaire employeur

3.1 Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS)

Les IJSS représentent 50 % du salaire journalier de base du salarié, calculé à partir de la moyenne des 3 derniers salaires bruts divisée par 91,25 (pour un salarié mensualisé). Elles sont versées à compter du 4ème jour d’arrêt (3 jours de carence) et pour chaque jour calendaire, week-ends et jours fériés compris.

Changement majeur 2025-2026 : abaissement du plafond IJSS Depuis le 1er avril 2025, le plafond du salaire pris en compte pour le calcul des IJSS est passé de 1,8 SMIC à 1,4 SMIC. Concrètement, le salaire de référence est désormais plafonné à 2 552,25 € bruts par mois en 2026. L’indemnité journalière maximale est de 41,95 € bruts/jour (depuis février 2026). Conséquence directe pour l’employeur : la part d’IJSS versée par la CPAM étant réduite, le coût du maintien de salaire à la charge de l’employeur augmente mécaniquement pour les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 SMIC.

3.2 Le maintien de salaire par l’employeur (complément employeur)

L’employeur est tenu de verser un complément de salaire au salarié en arrêt maladie, sous réserve que celui-ci remplisse les conditions suivantes :

• Avoir au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise au 1er jour de l’arrêt
• Avoir transmis le certificat médical à l’employeur dans les 48 heures
• Bénéficier des IJSS versées par la Sécurité sociale
• Être soigné en France ou dans un État membre de l’EEE
• Ne pas être travailleur saisonnier, intérimaire ou travailleur à domicile

 

Barème légal du maintien de salaire selon l’ancienneté

Ancienneté	90 % du salaire brut	66,66 % du salaire brut
1 à 5 ans	30 jours	30 jours
6 à 10 ans	40 jours	40 jours
11 à 15 ans	50 jours	50 jours
16 à 20 ans	60 jours	60 jours
21 à 25 ans	70 jours	70 jours
26 à 30 ans	80 jours	80 jours
31 ans et +	90 jours	90 jours

 

 

Important : le délai de carence employeur est de 7 jours en cas de maladie ordinaire (le complément est dû à partir du 8ème jour). Ce délai est supprimé en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. La convention collective peut prévoir des conditions plus favorables, comme le maintien à 100 % dès le 1er jour.

3.3 Exemple de calcul du coût employeur en 2026

Prenons un salarié percevant 3 000 € bruts mensuels, avec 7 ans d’ancienneté, en arrêt de 50 jours pour maladie ordinaire :

• Salaire journalier de base : (3 000 × 3) / 91,25 = 98,63 €
• Mais le salaire de référence est plafonné à 2 552,25 € → SJB plafonné = 83,90 €
• IJSS = 83,90 × 50 % = 41,95 €/jour
• Période à 90 % : jours 8 à 37 (30 jours) → complément = (98,63 × 90 %) − 41,95 = 46,82 €/jour
• Période à 66,66 % : jours 38 à 50 (13 jours) → complément = (98,63 × 66,66 %) − 41,95 = 23,80 €/jour
• Coût total employeur sur 50 jours : environ 1 714 € de complément

 

3.4 La subrogation : simplifier le versement

L’employeur peut pratiquer la subrogation en versant directement la totalité du salaire maintenu au salarié et en percevant en retour les IJSS de la CPAM. Ce mécanisme évite au salarié d’attendre le déclenchement des IJSS pour percevoir un revenu, et simplifie la gestion pour l’employeur. La demande de subrogation s’effectue lors du signalement de l’arrêt en DSN.

3.5 Le rôle de la prévoyance d’entreprise

Au-delà du maintien légal, l’employeur peut avoir souscrit un contrat de prévoyance collective qui améliore la couverture du salarié en arrêt de travail. Ce contrat permet de compléter les IJSS et le maintien employeur pour atteindre jusqu’à 80 ou 100 % du salaire, selon les garanties souscrites. L’obligation la plus connue est le « 1,50 % cadres », qui impose de protéger les cadres par une cotisation affectée en priorité au risque décès.

Conseil : vérifiez la franchise de votre contrat de prévoyance (durée pendant laquelle aucune prestation n’est versée) et les conditions de déclenchement. Plus la franchise est courte, plus la cotisation est élevée.

 

4. La contre-visite médicale : un droit de l’employeur

Dès lors que l’employeur verse un complément de salaire (maintien légal ou conventionnel), il peut faire réaliser une contre-visite médicale au domicile du salarié ou au cabinet du médecin mandataté. Cette visite vise à vérifier la réalité de l’incapacité de travail et la cohérence entre l’état de santé du salarié et la durée de l’arrêt.

4.1 Modalités depuis le décret du 5 juillet 2024

Le décret n°2024-692 du 5 juillet 2024 a précisé les règles encadrant la contre-visite médicale. Le médecin mandataté par l’employeur peut se présenter au domicile du salarié sans délai de prévenance en dehors des heures de sortie autorisées. Le salarié doit communiquer à son employeur son lieu de repos (si différent du domicile) et, en cas de mention « sortie libre », les horaires auxquels la visite peut s’effectuer.

4.2 Conséquences en cas de résultat défavorable

Si le médecin contrôleur conclut que l’arrêt n’est pas ou plus médicalement justifié, ou si le salarié est absent ou refuse de se soumettre au contrôle, l’employeur peut suspendre le versement des indemnités complémentaires. Attention : cette suspension ne porte que sur la période postérieure à la visite et pour l’arrêt en cours uniquement. Le refus de la contre-visite ne peut pas, en soi, justifier un licenciement ou une sanction disciplinaire.

 

 

Exception Alsace-Moselle Dans les départements du Haut-Rhin, du Bas-Rhin et de la Moselle, l’employeur ne peut pas ordonner de contre-visite médicale (droit local spécifique).

 

 

5. Pendant l’arrêt : gérer l’absence dans l’équipe

5.1 Ce que l’employeur peut et ne peut pas faire

Pendant l’arrêt maladie d’un salarié, l’employeur est soumis à des limites claires :

• Il ne peut pas interroger le salarié sur la raison de son arrêt ni sur la nature de sa pathologie
• Il peut contacter le salarié pour des questions strictement liées à la continuité d’activité (transmission de fichiers, codes, documents nécessaires)
• Il ne peut pas lui demander de travailler pendant l’arrêt
• Il peut relancer le salarié si le volet 3 n’a pas été transmis

 

5.2 Organiser le remplacement temporaire

L’absence d’un salarié clé peut désorganiser l’entreprise, surtout en TPE où chaque poste est critique. Plusieurs solutions existent : réorganisation interne des tâches, recours à un CDD de remplacement, intérim, ou appel à un prestataire freelance pour les fonctions support (administratif, comptabilité, RH). L’essentiel est d’anticiper et de documenter les processus clés pour faciliter la passation.

5.3 Obligation de loyauté du salarié pendant l’arrêt

Le salarié en arrêt maladie doit cesser toute activité professionnelle non autorisée. L’exercice d’une activité rémunérée pendant l’arrêt peut constituer un manquement à l’obligation de loyauté, justifiant un licenciement si l’employeur démontre un préjudice réel. La Cour de cassation exige toutefois que ce préjudice ne résulte pas du seul paiement des indemnités complémentaires.

En revanche, le suivi d’une formation reste possible pendant l’arrêt, avec l’accord écrit du médecin traitant : bilan de compétences, VAE, développement des compétences ou adaptation au poste de travail.

 

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À lire : Comment choisir le bon SIRH adapté à votre entreprise en 2026 ?

6. Le retour du salarié : visite de reprise et réintégration

6.1 Quand la visite de reprise est-elle obligatoire ?

La visite médicale de reprise n’est pas systématique. Elle est obligatoire et doit être organisée par l’employeur dans les cas suivants :

• Arrêt pour maladie ou accident non professionnel d’au moins 60 jours
• Arrêt pour accident du travail d’au moins 30 jours
• Arrêt pour maladie professionnelle, quelle que soit la durée
  
  

L’examen doit avoir lieu au plus tard dans les 8 jours calendaires suivant la reprise effective du travail. Le salarié est tenu de s’y rendre, sous peine de sanction disciplinaire.

6.2 L’avis du médecin du travail

Le médecin du travail peut conclure à l’aptitude du salarié (éventuellement avec réserves ou aménagements de poste), à l’aptitude avec reclassement, ou à l’inaptitude. En cas d’inaptitude, l’employeur doit rechercher un reclassement compatible avant d’envisager un licenciement pour inaptitude.

6.3 Signaler la reprise dans la DSN

La reprise du travail doit être signalée dans la DSN mensuelle si elle intervient à la date prévue par l’arrêt. Si la reprise est anticipée ou si la date a été modifiée, elle doit être signalée via un signalement d’événement spécifique dans le logiciel de paie.

 

7. Arrêts répétés ou prolongés : les recours de l’employeur

7.1 Le salarié ne transmet pas son arrêt

Si le salarié ne transmet pas le volet 3 de son arrêt malgré plusieurs relances, son absence est considérée comme injustifiée. L’employeur peut envisager une sanction disciplinaire pouvant aller jusqu’au licenciement pour faute. De son côté, la CPAM peut appliquer une retenue de 50 % sur les indemnités journalières en cas de récidive dans les 2 ans.

7.2 Licenciement pendant l’arrêt maladie : ce qui est possible

L’arrêt maladie ne constitue pas une protection absolue contre le licenciement. L’employeur peut initier une procédure de licenciement dans plusieurs cas :

Motif	Conditions	Indemnités
Désorganisation de l’entreprise	Absence prolongée/répétée + nécessité de remplacement définitif en CDI + arrêt non causé par un manquement de l’employeur	Indemnité de licenciement + ICP
Inaptitude (après visite de reprise)	Aucun reclassement possible ou refusé par le salarié	Indemnité spéciale (doublée si AT/MP) + ICP + préavis
Faute grave (AT/MP uniquement)	Faute grave indépendante de l’état de santé	Aucune indemnité de licenciement

 

 

Il est également possible de conclure une rupture conventionnelle pendant un arrêt maladie, à condition que le consentement du salarié soit libre et éclairé.

7.3 Durée maximale d’indemnisation

Il n’existe pas de durée maximale légale pour un arrêt maladie lui-même. En revanche, l’indemnisation CPAM est limitée : 12 mois d’indemnités journalières par période de 3 ans consécutifs pour les arrêts ordinaires, et jusqu’à 3 ans pour les affections longue durée (ALD).

 

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8. Cas particuliers à connaître

8.1 Salarié en télétravail

Un salarié en télétravail qui tombe malade doit suivre exactement les mêmes démarches qu’un salarié en présentiel : transmission du volet 3 sous 48 heures, respect des heures de sortie autorisées, etc. L’employeur ne peut pas exiger du salarié qu’il continue à travailler à domicile pendant l’arrêt sous prétexte qu’il est déjà chez lui.

8.2 Salarié avec plusieurs employeurs

Si le salarié travaille pour plusieurs employeurs et que le médecin a déterminé une impossibilité totale de travailler, il doit avertir chacun de ses employeurs et leur transmettre des copies du volet 3.

8.3 Arrêt pendant les congés payés

Un arrêt récent de la Cour de cassation du 10 septembre 2025 est venu préciser les règles en cas de cumul entre congés payés et arrêt de travail. Le salarié tombant malade pendant ses congés payés a désormais droit au report des jours de congés non pris, conformément au droit européen.

8.4 Rémunération variable et maintien de salaire

Lorsque la rémunération du salarié comporte une part variable (commissions, primes, objectifs), le calcul du maintien de salaire se complexifie. La Cour de cassation a confirmé en mai 2025 que l’employeur ne peut pas retenir une période de référence artificiellement défavorable au salarié. Si les derniers mois ne sont pas représentatifs de la rémunération habituelle, il convient de retenir une moyenne sur 12 mois.

 

9. Outils et logiciels pour automatiser la gestion des arrêts

Pour les TPE et PME, la gestion manuelle des arrêts de travail génère des risques d’erreur significatifs : oubli de transmission de l’attestation de salaire, erreur de calcul du maintien, non-respect des délais. Des outils SIRH et logiciels de paie permettent d’automatiser la quasi-totalité de ces étapes :

Fonctionnalité	Exemples d’outils
Gestion des arrêts et signalement DSN	PayFit, Silae, Sage, Cegid
Calcul automatique IJSS et maintien	PayFit, ADP, Nibelis
Suivi des absences et planning	Lucca, Factorial, Combo (ex-Snapshift)
Gestion documentaire RH	Notion, Lucca, Eurécia
Prévoyance et déclarations	Alan, Malakoff Humanis, APICIL

10. Questions fréquentes (FAQ) sur les arrêts maladie et les démarches employeur

L’employeur peut-il connaître la raison de l’arrêt maladie de son salarié ?

Non. Le salarié n’a aucune obligation légale de communiquer à son employeur la nature de sa pathologie ou la raison de son arrêt. Le volet 3 de l’arrêt de travail ne mentionne d’ailleurs pas le diagnostic médical.

Que faire si le salarié envoie son arrêt après le délai de 48 heures ?

L’employeur peut adresser un rappel écrit au salarié. Si cette situation se répète, une sanction disciplinaire est envisageable. Côté CPAM, un envoi tardif répété (2 fois en 2 ans) peut entraîner une retenue de 50 % sur les indemnités journalières.

Un salarié peut-il être licencié pendant un arrêt maladie ?

Oui, mais pas en raison de la maladie elle-même. Le licenciement est possible en cas de désorganisation avérée de l’entreprise nécessitant un remplacement définitif, d’inaptitude prononcée par le médecin du travail, ou de faute grave indépendante de l’état de santé (pour les AT/MP).

Comment fonctionne la contre-visite médicale ?

L’employeur mandate un médecin de son choix qui se présente au domicile du salarié (ou au lieu de repos communiqué). Depuis le décret de juillet 2024, le médecin peut intervenir sans prévenir en dehors des heures de sortie autorisées. Si l’arrêt est jugé injustifié, l’employeur peut suspendre le complément de salaire.

Combien de temps un salarié peut-il rester en arrêt maladie ?

Il n’y a pas de durée maximale légale pour l’arrêt lui-même. La CPAM verse toutefois les IJSS pendant 12 mois maximum par période de 3 ans consécutifs (jusqu’à 3 ans en ALD). Au-delà, le salarié peut être placé en invalidité.

Le salarié acquiert-il des congés payés pendant un arrêt maladie ?

Oui, depuis la loi du 22 avril 2024. Un salarié en arrêt pour maladie ordinaire acquiert 2 jours ouvrables par mois (maximum 24 par an). Pour un arrêt AT/MP, l’acquisition porte sur toute la durée de l’absence sans limitation.

L’employeur doit-il maintenir le salaire d’un salarié de moins d’un an d’ancienneté ?

Non, le maintien légal de salaire ne s’applique qu’aux salariés ayant au moins 1 an d’ancienneté. Toutefois, la convention collective applicable peut prévoir un maintien plus favorable, y compris pour les salariés récents.

Peut-on faire une rupture conventionnelle pendant un arrêt maladie ?

Oui, la rupture conventionnelle est possible pendant un arrêt maladie, à condition que le consentement du salarié soit libre et éclairé. Il est recommandé de s’assurer que le salarié n’est pas dans un état de vulnérabilité qui pourrait altérer son consentement.

 

Sources et références juridiques

• Code du travail, articles L.1226-1 à L.1226-5 et D.1226-1 à R.1226-12

• Code de la Sécurité sociale, articles L.321-1 et suivants

• Décret n°2024-692 du 5 juillet 2024 relatif à la contre-visite médicale

• Loi n°2024-364 du 22 avril 2024 relative aux congés payés en arrêt maladie

• Décret n°2025-160 du 20 février 2025 relatif au plafond des IJSS

• Loi n°2025-199 du 28 février 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2025

• ameli.fr — Démarches de l’employeur en cas d’arrêt de travail

• service-public.fr — Arrêt maladie : indemnités journalières 2026

• Cour de cassation, chambre sociale, arrêts cités : 21/11/2018, 26/02/2020, 14/05/2025